Göksu Deltası, küçük karabatak ve tepeli pelikan, üreyen yaz ördeği (50
çift ile Türkiye’nin bilinen en büyük popülasyonu) ve pasbaş patka, kışlayan
büyük orman kartalı ve şah kartal gibi, nesilleri tehlike altında olan türlere
ev sahipliği yapar. Bunlara ek olarak, küçük balaban, gece balıkçılı, alaca
balıkçıl, erguvani balıkçıl, turaç, saz horozu, kocagöz, bataklık kırlangıcı,
akça cılıbıt, mahmuzlu kızkuşu ve küçük sumru gibi türler bölgede önemli
sayılarda ürer. Büyük sayılarda su kuşu, mesela boz kaz, fly, çamurcun,
kaşıkgaga ve sakarmekenin, burada kışlar. Göç sırasında ise çok sayıda çeltikçi
ve 20 binin üzerinde leylek burada konaklar. Çeltikçi,
büyük ak balıkçıl, küçük ak balıkçıl, gri balıkçıl, sığır balıkçılı, bataklık
su tavuğu ve İzmir yalıçapkını da alanda kuluçkaya yatar. Ak pelikan göç zamanında
çok sayıda görülür, az sayıda turnaysa deltada kışlar. Ak kuyruklu kartalın da
bulunduğu değişik yırtıcı kuş türleri kışı deltada geçirir, ada martısı düzenli
olarak Taşucu limanı etrafında görülür. Akdeniz foku beslenmek için burayı
kullanır. Göksu, nesli tehlike altında olan kız böcekleri ve kelebekler için de
önemli bir yerdir.
Göksu Deltası’nda ikisi büyük dört gölden biri olan tatlı su gölü
olan Akgöl, deltada 1960’larda başlayan sulamalar sonucu ötrofik bir
tatlı su gölüne dönüşmüştür. Kuzeyinde Potamogeton, Scirpus, hasırotu (Typha)
ve saz (Phragmites) yataklarından oluşan zengin bir bataklık bitki örtüsüne
sahiptir. Deltanın 35 km uzunluğundaki kumsalları iki tür deniz kaplumbağası
(Caretta caretta) ve yeşil deniz kaplumbağası (Chelonia mydas) için Türkiye’deki
en önemli yumurtlama alanlarındandır. Deltada 12 bitki taksonu özel
koruma alanı kriterlerini karşılar.